La estructura general del PJA puede incluir varios niveles criterios. Suponga que en el ejemplo anterior la hermana gemela de Alonso, Mariana también fue aceptada con beca completa a las tres universidades.

Los padres insisten en que los dos asistan a la misma universidad. El problema  ahora implica 2 jerarquías. Los valores de P y q en la primera jerarquía son los pesos relativos que representa las opiniones de Alonso y Mariana (presumible mente iguales). 

Los pesos:(P1 y P2) y (q1 y q2)

En la segunda jerarquía representa las preferencias de Alonso y Mariana con respecto a la ubicación y reputación respecto a la universidad.

Para la solución de esto  ya mencionado  utilizamos el siguiente diagrama de árbol y así conocer los resultados de estos