Общее описание всех рассматриваемых методов.
Total count normalization
Percentile normalization
Quartile normalization
Trimmed mean of M-values normalization
Реализация
В своей работе мы, на языке программирования Python 3, реализовали пакет pygmnormalize, служащий для нормализации матриц генной экспрессии. Он содержит все вышеописанные методы. Для работы он требует наличие установленных пакетов numpy и scipy. При этом, реализованный пакет работает на любой операционной системе.Реализацию рассматриваемого пакета вы можете найти в репозитории GitHub по ссылке: https://github.com/ficusss/PyGMNormalize
Реализован пакет (pygmnormalize) для нормализации матриц генной экспрессии на языке программирования Python 3. Реализация находится в репозитории GitHub (https://github.com/ficusss/PyGMNormalize).Тесты на производительность
Сравнение с реализацией в R