Los plasmodesmos están recubiertos de membrana plasmática que es continua con las membranas de ambas células. Cada plasmodesmo tiene un hilo de citoplasma que se extiende a través de él y contiene un hilo aún más fino de retículo endoplásmico (que no se muestra en el diagrama de arriba).
Las moléculas menores a cierto tamaño (conocido como límite de exclusión por tamaño) se mueven libremente a través del canal del plasmodesmo por medio de difusión pasiva: (paso de una sustancia a través de la membrana biológica en función del gradiente de concentración; es decir, pasando de la zona de mayor concentración a la de menor concentración).
El límite de exclusión por tamaño varía entre plantas, e incluso, entre los tipos celulares de una misma planta. Los plasmodesmos pueden dilatarse (expandirse) de manera selectiva para permitir el paso de ciertas moléculas grandes, como proteínas, aunque este proceso no está bien comprendido^{1,2}1,2start superscript, 1, comma, 2, end superscript.
Uniones en hendidura (GAP?)
Funcionalmente, las uniones en hendidura de las células animales se parecen mucho a los plasmodesmos de las células vegetales: son canales entre células vecinas que permiten el transporte de iones, agua y otras sustancias^33start superscript, 3, end superscript. Sin embargo, estructuralmente son muy diferentes.
En los vertebrados, la uniones en hendidura se forman cuando un conjunto de seis proteínas de la membrana, llamadas conexinas, forman una estructura alargada parecida a una dona llamada conexón. Cuando los poros, o "agujeros de la dona", de los conexones de dos células adyacentes se alinean, se forma un canal entre ellas. Los invertebrados forman uniones en hendidura similares pero usan un conjunto de proteínas diferentes llamadas inexinas