Background

NGS

    생물학적분야부터 광범위한 응용분야까지 다양한 분야의 연구기반을 만드는데에는 sequencing 기술이 필수적이었다.  이후로는 Next-generation sequencing(NGS)의 기술이 발달하며 유전체 정보의 대량 생산이 가능해져 농업과학의 다양한 과학적 주제에 이용되었고\cite{Barabaschi_2016}, 육종연구에도 사용할 수 있게되었다. 

Reference genome

    Sequencing을 하여 얻은 data로 유전 변이를 탐지하고, 이용가치가 높도록 개발하는 것은 육종연구에 필수적이었다. 이러한 유전체를 이용한 육종 접근법은 genome의 가용성이 향상되도록하며 여러 모델 식물에 대한 transcriptome sequence data와  crop species  분야에 크게 기여했다. 때문에, Grape (http://www.phytozome.net/grape.php), soybean (http://www.phytozome.net/soybean)처럼 여러 작물에서 sequencing하여 얻은 data로 그 종의 구성을 정의하고, 그 종의 기능성을 이해할 수 있도록 하여\cite{Ellegren_2014}, genome sequence를 완성해내거나 초안을 만들어낼 수 있었다\cite{Varshney_2009}. 이를 통해 형질을 조절하는 유전자나 그의 위치를 식별하여 유전자 기능의 특징화를 할 수 있었고, 궁극적으로는 작물의 농업적 특성 개선을 할 수 있게되었다\cite{Takeda_2008}.

Gene model

(이후, gene model이란걸 만듦, 어떻게 만드느냐가 문제)
     이렇게 genome sequences를 추출하고 나면, genome 내의 유전자 위치와 기능을 해독할 수 있게된다. 이 과정은 genome annotation이라고 정의되는데, structural annotation, functional annotation, manual curation의 세 가지 과정으로 구분할 수 있다. 그 중 genome annotation의 첫 번째 단계로, genome sequences 내에서 유전자의 위치와 구조 정보를 밝혀내는 것을 목적으로 하여 구조적 정보를 분석하는 과정은 structural annotation 과정이다.