Otro de los usos de los nanobots es para tratamiento de aguas o la limpieza del medio ambiente. Se podría mandar cientos, miles, millones de estos dispositivos y hacer que naden a través del agua para ver si está contaminada, catalizar contaminantes, y luego recogerlos. También\citep{burgos2017} son utilizadas para  reemplazar neuronas afectadas por algunas enfermedades como son: el Parkinson y el Alzheimer.     
Así como su uso es variable, así mismo van de la mano con las aplicaciones teniendo un sin fin de ellas, por las que se encuentran: