Il design di un sistema acquaponico รจ molto simile a quello dei sistemi di acquacoltura a ricircolo RAS con l'aggiunta di una componente idroponica. In generale gli elementi essenziali per il funzionamento sono 5 \cite{Rakocy_2004} \cite{culture} :
- Un serbatoio per l'allevamento della specie ittica;
- Un sistema per la rimozione dei solidi sospesi e sedimentabile;
- Un biofiltro;
- Un sistema idroponico per la coltivazione delle specie vegetali;
- Un pozzetto.