Epidemiology is defined as the study of the distribution and determinants of health related states and the use of that knowledge to prevent diseases and promote wellness. Environmental epidemiology is a branch of Epidemiology where we study the Environment as a determinant of human health.  Environment is a cause of our health and wellness. By "cause" we mean that environmental factors as events or phenomenon precede our health states and are associated with it. Our health states and illnesses are caused by a number of factors and there is no one on one association with a specific environmental correlate and health state. Because of this, we should think of health related states and causes of health related states where causes are components of a larger model and the model with its component causes is the sufficient unit to cause disease. How do determine that an exposure E is a cause of a health outcome O? In order to decide if E is a cause of O, we need to first establish that E has a valid association with O. By valid association, we mean that we should explain that the association we observe between E and O cannot be explained by chance alone, we have to rule out that possibility. We also have to eliminate any possibility of biased observation or reporting that can result in an apparent association between E and O but in reality that association is spurious. We will need to  control for any potential or actual confounding variable, that is, a variable that is associated both with E and O, but does not come in any causal pathway connecting the two. After we have established a valid association, we will then evaluate that the nature of this association is one of cause and effect. A way to test that association is to use Hill's considerations (often referred to as "Hill's criteria"). Cause and effect or non-causal effects for that matter, need to be studied using measurements of diseases or health related states and measures of associations. Measures of health related states include incidence rates and prevalence. Incidence and prevalences must be standardised for age or other variables when more than one population or the same population is studied over time. Measures of association include rate ratios or relative risk estimates, odds ratios, and in case of Environmental health, we also use impact fractions or attributable risks to indicate the role of an environmental factor on a health outcome in the population.  We obtain these measures by conducting one or more epidemiological studies. Environmental epidemiological study designs are observational study designs and fall in the categories of ecological studies, cross-sectional surveys, case control studies and cohort studies. A range of analytical strategies are used to analyse data from epidemiological studies. These include simple linear models and linear regression, logistic regression for case control and cross-sectional surveys, survival analysis and Cox Proportional Hazards model for Cohort Studies. Epidemiological studies form the basis of understanding Environmental health and therefore forms a good groundwork for understanding the processes of environmental health impact assessment. Environmental investigations are also based on epidemiological principles. For thinking about all environmental health related issues, it is a good idea to start with the facts, develop an explanatory theory and identify hyotheses based on these theories and collect facts to validate the theories by testing hypotheses. 

What is meant by occupational healthOccupational health refers to the study of health issues that affect people who are engaged in work or health effects and illnesses that occur in workplaces among workers or professionals who are engaged in work and therefore are exposed to specific hazards and exposure variables that are characteristic of their workplaces. In Env/Occ health, the term hazard denotes a situation or health condition that occurs at a certain point in time with the likelihood or chance that it has not occurred up until that time. For example, falling debris from a building under construction is a hazard (which is why you see so much restrictions being placed on people's movement in construction sites with hard hats to be worn). Falling debris can injure a person, and this is a hazard that a healthy person who has not suffered can become injured in an instant.

Environmental health risk assessment is a stepwise process to identify a health hazard in the environment and assess the risk associated with it. Hazard refers to a potential harm, while risk refers to the health effect that results when that harm is realised. Hence the first step in environmental health risk assessment is to identify an environmental hazard. Stern (2008) has defined Environmental health risk assessment (EHRA) as a predictive risk profiling of human health risks. According to him, in EHRA exercises, we identify a potential harmful agent and identify what health effects or diseases it can cause and then use various means to predict the health effects that can result from either an actual exposure profile or we model the exposure and predict the level of harm or health effect that will result from it.

কাকে বলে রোগী কেন্দ্রিক চিকিৎসা? একটি চিকিৎসার কাহিনিএকটি অভিজ্ঞতার গল্প শুনুন। মাস দুয়েক আগের কথা। বাড়িতে শীর্ষাসন করতে গিয়ে মনে হয় ঘাড়ে আঘাত পেয়েছিলাম। প্রথম দু-একদিন ঘাড়ে অল্প ব্যথা করছিল । তারপর একদিন মাঝরাতে পিঠের যন্ত্রণায় ঘুম ভেঙে গেল। পিঠের ডান দিকে যন্ত্রণা হচ্ছিল, ডানহাতের বুড়ো আঙুলে সাড় ছিল না, হাত দুর্বল; তখন মনে হল কাঁধে গরম জলের ব্যাগ দিয়ে রাখি, তাহলে হয়ত আরাম হবে। জল ফুটিয়ে ব্যাগে যেই পুরতে গেছি, ফুটন্ত জল চলকে আমার ডান হাতে পড়ল, অমনি হাতের চামড়া ঝলসে গেল । একে সপ্তাহের শেষ, তায় অত রাতে ডাক্তার পাওয়া যাবে না, হাসপাতাল আমার বাড়ি থেকে বড় শহরে একশ কিলোমিটার দূরে, অতএব নিজের  প্রাথমিক চিকিৎসা  নিজেকেই করতে হল। কোন রকমে দুদিন গেল।  ততদিনে দেখা গেল যে হাতে বেশ বড়সড় একটা ফোসকা পড়েছে। ঝলসানো চামড়ার ও ফোসকার ড্রেসিং করাতে আমার পরিচিত একটি  ক্লিনিকে গেলাম। সেখানে  এক অপরিচিতা নার্স আমার চিকিৎসা করলেন। তিনি ড্রেসিং করার সময় থমথমে মুখে কাগজ দেখে মন দিয়ে কাজ করে গেলেন, আমার সঙ্গে একটি কথাও বললেন না। আমার কেমন যেন অস্বস্তি হচ্ছিল যে তাঁর সামনে একজন মানুষ বসে আছে, সে মাঝে মাঝে যন্ত্রণায় আর্তনাদ করে উঠছে, তাকে আমল দেওয়া দূরের কথা, যন্ত্রণা হচ্ছে কি না, একবার জিজ্ঞেসও করলেন না, খস খস করে কাঁচি দিয়ে, এমন ভাবে পোড়া চামড়া কেটে দগদগে কাটা ঘায়ের ওপর মলম আর পটি দিয়ে ড্রেসিং করলেন হাতটা যেন শরীরের বাইরের কোন একটা অংশ, তারপর নিপুণ হাতে পরিপাটি করে ব্যাণ্ডেজ বেঁধে দিলেন। দিয়ে  আমাকে মৃদু শাসনের সুরে বললেন, এই ভাল করে ড্রেসিং করে দিলাম, বাইরে বসে একটু জিরিয়ে নিয়ে বাড়ি চলে যান। দেখবেন যেন একটুও জল লাগাবেন না, সাত দিনে সেরে যাবে।চিকিৎসা শুরু হবার দশ দিনের মাথায় হাতের ঘা সেরে গেল, পটি খোলা হল। আমি সুস্থ হলাম। আমার চিকিৎসা যে চিকিৎসক, ফিজিওথেরাপিস্টরা,  নার্স-রা করেছেন তাঁরা সকলে অভিজ্ঞ ও দক্ষ, তাঁদের পেশাগত নৈপুণ্য প্রশ্নাতীত, ক্লিনিকটি  পরিষ্কার পরিচ্ছন্ন, তাতে প্রায় যত রকমের আধুনিক ব্যবস্থা থাকা প্রত্যাশিত সব ছিল। আমার দেশ, নিউজিল্যাণ্ডে, সরকার দেশের মানুষের চিকিৎসার ব্যয়ভার বহন করেন, তাই আমার চিকিৎসার মোট খরচ নামমাত্র, এবং আমি যথাসময়ে কোন রকম গোলমাল ছাড়াই পুরোপুরি ভাল হয়েও গেছি ।তথাপি সেদিনের নার্স ভদ্রমহিলার কাছে পাওয়া সেই নৈর্বক্তিক নিদান বলুন কি দাওয়াই, আমার মনে দাগ কেটে গেল । ব্যাণ্ডেজ করা হাতের ভেতরের যন্ত্রণা সহ্য যেমন করেছি, তেমনি আমি নিজেকে প্রশ্ন করেছি, এই যে চিকিৎসা পেলাম, এ চিকিৎসা প্রকৃত গুণমান কিভাবে বিবেচনা করব? এ চিকিৎসার গুণমান যদি নিরূপণ করতে হয়, রোগী হিসেবে তাতে চিকিৎসা পেতে গিয়ে আমার মনে যে অসন্তোষ দেখা দিল তাকে কি উপেক্ষা করব? কেন? চিকিৎসার মান শুধু কি শারীরিক ভাবে সুস্থ হয়ে যাওয়া দিয়ে বিচার করা হবে? বিশ্ব স্বাস্থ্য সংস্থার সংজ্ঞা অনুযায়ী স্বাস্থ্য কেবল শরীরের রোগমুক্তি নয়, মন ভাল হওয়া, সামাজিক ভাবে সুস্থ থাকা, সবকিছু নিয়ে \cite{3075921}। তাই যদি হবে, তাহলে রোগীর প্রতি চিকিৎসকের নৈর্বক্তিক আচার আচরণকে, যে আচরণে রোগী বিমর্ষ বোধ করেন, চিকিৎসার মান নির্ধারণে তাকেও বিচার করে দেখতে  হবে নিশ্চয়ই? কোন উপায়ে গোটা বিষয়টিকে মাপা যেতে পারে? চিকিৎসা করতে গিয়ে রোগীর পরিপ্রেক্ষিত বিচার না করা হলে সে চিকিৎসা কি মানবিক? গুণ নিরূপণ করতে গেলে সে চিকিৎসা ভাল না মন্দ? ভাল চিকিৎসার "ভাল" ব্যাপারটি কাকে বলে? অন্যদিকে  কিভাবে ভাল চিকিৎসা-প্রতিষ্ঠান চিনব? কিভাবে ভাল স্বাস্থ্য ব্যবস্থাকে চিহ্নিত করব? কিভাবে চিকিৎসার মান নিরূপণ শুধু নয়, মাপযোক করব? এই বিষয়টি নিয়ে আলোচনাই এই লেখার উদ্দেশ্য।চিকিৎসা ব্যবস্থার ও চিকিৎসার গুণমান কেন বিচার করব?আমাদের সকলের -- রোগী, চিকিৎসক, নার্স, অন্যান্য স্বাস্থ্য পরিষেবা যাঁরা দিই, এমনকি সরকারের পরিপ্রেক্ষিতেও, চিকিৎসা-ব্যবস্থার গুণমান বিচার খুঁটিয়ে দেখার একটা প্রয়োজন আছে। আমরা সবসময় চিকিৎসা ব্যবস্থা থাকা সত্ত্বেও তার সহজে নাগাল  পাই না। প্রায়ই চিকিৎসা এত সময় ও অর্থ সাপেক্ষ হয়ে পড়ে, আমরা চিকিৎসা করাতে পারি না। আবার যখন পারি, তখন নিখুঁত কারিগরের হাতে সংবেদনহীন, নৈর্বক্তিক, ও আন্তরিকতাহীন চিকিৎসা আমাদের অনেককেই সহ্য করতে হয়। আমরা যারা রোগী, তারা প্রচুর সময় ও অর্থ ব্যয় করি; তা সত্ত্বেও যে চিকিৎসা  পরিষেবা আমরা পাই তাতে আমাদের কথা কতটুকু বিচার বিবেচনা করা হয়?চিকিৎসা পরিষেবার কথা বললে তিনটি স্তরে "চিকিৎসার" কথা বলা হয়। আমারদের দেশের পরিকাঠামোয় চিকিৎসা পরিষেবা তিনটি পৃথক স্তরে দেওয়া হয় -- প্রাথমিক, মাধ্যমিক, এবং বিশেষজ্ঞ-কেন্দ্রিক চিকিৎসা ব্যবস্থা। প্রাথমিক স্তরে মূলত প্রতিষেধ-মূলক চিকিৎসা বা পরিবার কেন্দ্রিক চিকিৎসার ব্যবস্থা করা হয় । আমাদের দেশে যাঁরা সাধারণ ডাক্তারবাবু, পারিবারিক ডাক্তার, পাড়ার ডাক্তার, "ডাক্তার কাকু/জেঠু", যাঁরা বরাবর আমাদের পরিবারের কাছাকাছি থেকে চিকিৎসা করেছেন, জ্বর জারি হলে প্রথমে তাঁদের কাছে যাওয়া হয়, টিকা দিতে হলে তাঁদের শরণাপন্ন হতে হয়, এ হল সেই স্তর। এঁদের পরে মাধ্যমিক স্তরে যে ধরণের পরিষেবা দেওয়া হয় তাতে অপেক্ষাকৃত জটিল অসুখের দ্রুত নির্ধারণ ও চিকিৎসা করার ব্যবস্থা করতে হবে। তা পারিবারিক চিকিৎসকরাও করতে পারেন, বা "সাধারণ" (এখানে সাধারণ বলতে বিশেষ রোগের হাসপাতাল নয় এরকম হাসপাতাল) হাসপাতালে গিয়ে চিকিৎসা করা যেতে পারে। এর মধ্যে ওষুধের মাধ্যমে চিকিৎসা, শল্য চিকিৎসা, স্ত্রীরোগ, ধাত্রীবিদ্যা সংক্রান্ত চিকিৎসা, শিশুদের চিকিৎসা পড়ে। সরকারী হাসপাতাল, বেসরকারী নার্সিং হোম, হাসপাতাল এই ধরণের জায়গায় মানুষ চিকিৎসা করাতে যান। এর পরবর্তী  স্তরে খুব জটিল রোগের বিশেষজ্ঞ স্তরের চিকিৎসা। প্রাথমিক বা মাধ্যমিক স্তরে রোগ সারানো না গেলে মানুষকে নানা ভাবে রোগমুক্তি বা বিশেষ ক্ষেত্রে অঙ্গ- প্রতিস্থাপনার বন্দোবস্ত করা, জটিল অস্ত্রোপচার, এই ধরণের চিকিৎসা এর লক্ষ্য। এই ধরণের চিকিৎসা প্রযুক্তিগত দিক থেকে জটিল ও ব্যয়সাপেক্ষ, এর চিকিৎসা বিশেষজ্ঞরা করবেন। যে হাসপাতালে সেই চিকিৎসা হবে, তাকে স্পেশালিটি বা সুপার-স্পেশালিটি হাসপাতাল বলা হয়। ভারতে সরকারী স্বাস্থ্য দপ্তরের মানুষের কাছে স্বাস্থ্য পরিষেবার পৌঁছনর দায়িত্ব থাকে, সরকার ও সমাজ এইরকম একটি পরিকাঠামোয় পরিষেবা দেবার ব্যবস্থা করেন । এখন প্রশ্ন, চিকিৎসা পরিষেবার মান নির্ধারণ করার সময় এই তিনটি স্তরকে কিভাবে বিবেচনা করব বা তাকে কিভাবে মাপব? গুণমান নির্ধারণ করার কিবা প্রয়োজন? দ্বিতীয় প্রশ্নটিতে আসা যাক।এক, মান নির্ধারণ না বিচার করতে শিখলে, আপনি যে-ই হোন, আপনি ঠকে যেতে পারেন, এমনকি আপনার প্রাণসংশয় অবধি হতে পারে। কোন চিকিৎসা-ব্যবস্থার মান ভাল, কোনটির মান আরো ভালো, এ বিষয়টি জটিল। আমরা রুগীরা বা তাঁদের বাড়ির লোকেরা কোন বিশেষ একটি স্বাস্থ্য-সংস্থা, বা কোন একটি রাজ্যের চিকিৎসা-ব্যবস্থা, কি কোন হাসপাতালকে হয়ত ওপর থেকে দেখে ভাবছি খুব ভাল, আসলে রোগী নিয়ে সেখানে ভর্তি হতে বা চিকিৎসা পেতে গিয়ে হয়রানির শিকার হতে হয়, ভুল চিকিৎসা হতে পারে, নষ্ট সময় ও অর্থদণ্ডের কথা না হয় ছেড়েই দিলাম । আবার অন্যদিকে কোন একটি চিকিৎসা প্রতিষ্ঠানটিকে মনে মনে খারাপ ভাবছি, হয়ত সেখানে কম পয়সায় চিকিৎসা হয়, সে হয়ত বাইরে থেকে দেখতে মামুলি, তাই তাকে প্রত্যাখ্যান করলাম, অথচ সেখানেই চিকিৎসা করাতে গেলে দেখতাম তারা অতি আন্তরিক ও খুব ভাল চিকিৎসা করে। আর কিছু না হোক, অনাবশ্যক অর্থদণ্ডের হাত থেকে রেহাই পেতাম। দুই, চিকিৎসকদের কথা ভেবে দেখুন। আজকাল ভারতে হাসপাতালের ডাক্তারদের, বা প্রাইভেট প্র্যাকটিস করেন, এমন ডাক্তারদের, রোগীর বাড়ির লোকেরা বা আপামর জনসাধারণ গায়ে হাত তুলছে,  এ ধরণের অন্যায়, দুঃখজনক সংবাদ ইদানীং শোনা যাচ্ছে \cite{Ambesh2016749}। সংবাদপত্রের খবরে বহু ক্ষেত্রে দেখা যায় ডাক্তারবাবু যে চিকিৎসা করেছেন তাতে কোন ভুল নেই, তবুও তাঁকে অত্যাচার সহ্য করতে হচ্ছে । ডাক্তারবাবু ভাবছেন তিনি তাঁর জ্ঞানবুদ্ধিঅভিজ্ঞতা-প্রসূত, সাধ্যমত চিকিৎসা করেছেন, অভিজ্ঞতা ও প্রমাণের ভিত্তিতে যা চিকিৎসা তিনি করেছেন, উন্নত মানের চিকিৎসা বিচার করতে গেলে এইটুকুই যথেষ্ট। ডাক্তারের পক্ষে চিকিৎসা কতটা খরচসাপেক্ষ বা রোগী-চিকিৎসাকারী দলের পারস্পরিক সম্পর্ক বা রোগীদের রোগ নিয়ে অবহিত করা, তাদের সহজ ভাষায় বুঝিয়ে বলার ব্যাপারটি তাঁর চিকিৎসক সত্তা দিয়ে বিচার করলে গৌণ বলে মনে হবে। চিকিৎসার জটিল দিক, কারিগরি দিকটি তিনি ভাল বোঝেন, সেটিই তাঁর লক্ষ্য । অথচ চিকিৎসা ত্রুটিহীন হওয়া সত্ত্বেও তাঁকে রোগীপক্ষের অসন্তোষের শিকার হতে হল, এমনও হতে পারে তিনি হয়ত রোগীর সঙ্গে  যথেষ্ট ভদ্র ও সঙ্গত আচরণ করলেন, কিন্তু চিকিৎসাকারী দলের অন্যান্য সদস্য বা অন্যান্যরা রোগীর পরিবার বা রোগীর সঙ্গে অশিষ্ট আচরণ করাতে রোগীর বাড়ির লোক অসন্তুষ্ট হলেন, সব মিলিয়ে চিকিৎসার যাবতীয় দায়, রোগী ও তাঁর বাড়ির লোকের রোষ, বেচারা ডাক্তারবাবুর ঘাড়ে পড়ল, যেহেতু চিকিৎসা পরিষেবার তিনিই মুখ \cite{Madhiwalla_2006} । ডাক্তারবাবু চিকিৎসার মান একরকম করে ভেবেছেন, রোগী আর তাঁর বাড়ির লোকেদের চোখে সেই চিকিৎসার গুণমান আরেক রকম হয়ে দাঁড়িয়েছে। অতএব ডাক্তার ও রোগীর পক্ষ থেকে চিকিৎসার গুণের মাণ নির্ধারণের, বিশেষ করে মাপজোক করার তাগিদ আছে যাতে করে অন্তত এইটুকু বোঝা যায় যে, চিকিৎসার সামগ্রিক মানের দিক থেকে বিচার করলে কোনটি যথেষ্ট উচ্চমানের ও কোনটি নিম্নমানের তার একটা সাধারণের গ্রহণযোগ্য ব্যবস্থা থাকা উচিৎ, সে চিকিৎসার ফলাফল যাই হোক না কেন। এখানে তিনটি বিষয় বিবেচনা করার আছে। এক, ডাক্তারবাবুর দিক থেকে চিকিৎসার গুণমান শুধু রোগমুক্তি বা যথাযথ চিকিৎসা দিয়ে বিচার বিবেচনা করলে যথেষ্ট হবে না, আরো কিছু বিষয় ভেবে দেখতে হবে। দুই, চিকিৎসা কি স্বাস্থ্যের মান নিরূপণের ক্ষেত্রে আমরা প্রায়ই সরকারী, বেসরকারী, আন্তর্জাতিক, নানারকম পরিসংখ্যানের সাহায্য নিই। পাঁচ বছর বয়সের কম বয়সী শিশু মৃত্যু, বা চিকিৎসক-পিছু কত শয্যা, সেই সংখ্যার নিরিখে গোটা স্বাস্থ্যব্যবস্থার সামগ্রিক মান নিরূপণের একটা আবছা ছবি আমরা পাই। চিকিৎসা/স্বাস্থ্য ব্যবস্থার মান নির্ধারণ করতে গিয়ে তাতে কিছুটা আন্দাজ পাওয়া যেতে পারে হয়ত, তবে সে নেহাতই মোটা দাগের মাপ। এই ধরণের পরিমাপ যেহেতু সামগ্রিক তথ্য পরিসংখ্যান দিয়ে করা হয়, তাতে ব্যক্তিবিশেষের ক্ষেত্রে কি প্রযোজ্য তা বোঝা যাবে না । তিন, রোগীর পরিপ্রেক্ষিত বাদ দিয়ে রোগ নিদানের গুণমান বিচার করা এক্ষেত্রে  অর্থহীন। রোগমুক্তির বিচার যাঁরা রোগের পরিষেবা দেন, বা রোগীর পরিপ্রেক্ষিত বাদ দিয়ে করবেন কি করে? আর করবেনই বা কেন? গুণমানের মাপযোকের ব্যাপারটি আলোচনার করার আগে আরো দুটো কথা বলার আছে -- এক, স্বাস্থ্য বা চিকিৎসা ব্যবস্থার শরিকদের চিনে নিতে হবে, আর দুই, পরিকাঠামো বলতে কি বোঝাতে চাইছি সেটি স্পষ্ট হওয়া চাই।

SECTION ONE - CRAZY STUFF _Oh, an empty article!_ You can get started by DOUBLE CLICKING this text block and begin editing. You can also click the INSERT button below to add new block elements. Or you can DRAG AND DROP AN IMAGE right onto this text. Happy writing! Figure [fig1] shows awesome researchers at work. writes an article. TODO Does this thing do many LaTeX commands?

These lecture notes are based on Stata and wherever possible, corresponding codes in R for analysis. Biostatistics differs from statistics in a number of ways where here our emphasis is on biological or health care related examples; in biostats we talk about survival analysis, and study designs and analytical techniques that are different from how these things are dealt in the regular statistics. Biostatistics is closely linked with epidemiology and epidemiological study designs. Here we shall deal with some essential principles.Biostatistics connects Epidemiology and thinking in epidemiology with the real world data and provides you with the tools that you use in order to explore issues around biology and health care to explore distribution of exposure and health effects and study the association between exposure and health effects. Let's start with a quick recap of scientific thinking and setting up of studies. Scientific thinking is based on the following rough principles and methods:Note observations and get the facts. When you observe the facts, they should not be colluded by your own feelings or emotions. Therefore a plan of measuring what you observe is importantFor explaining the world, you should have a theory that should explain the world of observationsBased on the theory set up a set of predictions and test the predictions with new sets of dataYou should set up more than one theory that can explain the pattern and continue to refute theories till the best one standsFrom this listing, we note that a few things are essential for the scientific process of induction, deduction, and abduction to proceed:We need a method and tools to describe the worldWe need a way to measure entities whose values varyWe need tools and ways to then link the measured entities with each otherIn case of biostatistics, we deal with biological and health care related variablesBiostatistics provide us with the tools of thinking and using the thinking tools. We use concepts, techniques and tools. In this lecture note, let's cover a few points.Four different types of variablesTables and figures for nominal and ordinal variablesHow do we estimate mean and standard deviation for continuous variables?LinksUsing R to find Z areasBasic Probability distributions in RGenerating basic plots in RUsing t-tests in Rt-distribution in RF-distribution in RBinomial distribution in RThe function for binomial coefficient in R is choose()

Epidemiology is the study of distribution and determinants of diseases and health related states in populations and use of that knowledge in order to prevent illnesses and promote health of populations (cite??). The word "Epidemiology" is derived from "Epi" = upon, "demo" = population, and "logos" = discourse. Thus, from its source, Epidemiology would mean that it is the study of everything that is related to populations. Within the larger field of Epidemiology, environmental epidemiology is  a branch where the exposure variables are present in our environment. For example, if you were to conduct an epidemiological investigation of the relationship between air pollution and asthma, then this would be an environmental epidemiological study. Similarly, if you were to conduct a study on tassociatoin association between job stress and hypertension or diabetes, then this kind of study would be labelled as occupational epidemiological study. In this module, we will cover Environmental and Occupational Epidemiology along the following sequence:causality, and causal inference measures in Epidemiologyepidemiological study designshow to design epidemiological studieshow to analyse epidemiological dataWe will focus on environmental factors as risk factors or exposures. Imagine an elderly woman slipping on an icy street and breaking her hip. What do you think would be the cause?Sufficient causes are those models which incorporate a number of different possible causes within the same model and all component causes interact with each other. The causes interact with each other and result in the outcome that we discuss. The causes however, do not need to interact all at the same time.// Sufficient causal models hereFigure 1. Sufficient causal models. Note how component causes, sufficient causal models, and necessary causes are illustrated in this modelCausal thinking is part of being human and most people have a notion of one-one notion of .cause and effect. According to Rothman (2014), an infant, for example, cries in order to get milk or attention from his or her mother and this is an example of an early formation of our caus thinking (citation??). Likewise, when a boy grows up, he thinks that the flipping of the switch _causes_ the bulb to glow. However, as we haveCausal thinking grew out of a long history. Initially, people used to rely on the words of the wise people. Hippocrates was an early era physician who also introduced the concept of environment and the need for accurate history  Inductive thinking was the next step. Here, from particular events or facts, the scientist would deduce generalisable truths. For example, In about 1700s, a new line of thinking emerged, referred to as "deductive thinking" and falsification of hypothesis. David Hume and others argued that inductive logicians assumed that the initial conditions of inductive logic remained invariant. For example,In falsification of hypothesis, we would start with a theory and then formulate a hypothesis. Instead of finding out facts to further substantiate my theory, we would look for counter-examples or examples or facts that would make the hypothesis wrong. For example, . If we are able to identify an example or an instance which refutes my theory, or a hypothesis derived from my theory, then that would disprove the theory itself. This would mean that we would have to search for another theory to explain the phenomenon.The Vienna school of philosopher, Karl Popper, who was also an academic at the University of Canterbury, in 1934, provided an extension of the falsification of the hypothesis. He referred this as the theory of conjecture and refutation. According to the theories of conjecture and refutation, the scientist would frame a theory, and then, based on the theory, he would frame a number hypothesis. He would observe the facts first. He would then explain the fact by building a theory. There would be more than one theories to explain the fact. These theories may rival each other. Then, he would gather or search for "facts" that would falsify the hypotheses. The hypothesis that would remain would explain the phenomenon unless or until another alternative explanatory theory and a fact would be found to falsify it.In health sciences, we use the theories of conjecture and refutation by framing null and alternative hypotheses. The alternative hypotheses are the conjecture based hypotheses which we use to explain facts and using the theories, we set up predictions or explanations. We use the null hypotheses to refute these hypotheses.Table xxx. Null and Alternative Hypotheses//Insert table here to show null and alternative hypothesesAs can be seen in Table xxx, type I errors are those situations where we have falsely rejected the null. Type II errors are those where we have falsely failed to reject the null hypothesis (also referred to as beta errors).In establishing a cause and effect framework, we have discussed that we can use a model of sufficient and necessary causes. We have also discussed that component causes interact. In order to establish cause and effect relationships, we would also have to ensure that the associations would need to be valid. We would lable any association between X and Y as an internally valid association if it meets the following three criteriaWe can rule out the play of chanceWe can eliminate any bias We can control for confounding variablesWe can rule out chance by specifying the alpha and beta errors so that in the beginning of a study, we would acknowledge that the possibility of random error, so that even if we would have rejected the null hypothesis based on what we have observed either on the basis of how the events occurred in nature or on the basis of our experiments, the error would be less than 5%. This is conventional. Then, after the collection of data, we would test the likelihood of occurrence of the observations if the null hypotheses would be true. If the probability of occurrence of the facts if the null hypothesis would be true were to be less than 5%, then we would conclude, on the basis of the observation of facts alone, that such occurrence could not have occurred due to chance alone. The lower the probability, the stronger would our claims be.Ruling out chance alone would be insufficient to establish the internal validity of the association. We would also need to ensure that our observations were free of biases. In observational epidemiological studies, such biases could arise from the following sources:Selection biasResponse biasWe can only eliminate biases from studies at the stage of designing the study. We can carefully train the observers to collect data, so that we can eliminate selection or observation bias. We can also use objective measurements for the biological variables or outcomes we study, so that we can eliminate or minimise reporting bias or response bias. We can blind the investigators of the study so that we can eliminate selection bias or we can use strict protocols such that prior to the study the investigators would not be able to influence the selection of individuals.Finally, we should control for confounding variables to ascertain that our association is a valid association. Confounding variable indicates a variable is associated BOTh with the exposure variable and the outcome variable but this variable does not come in the causal pathway between the exposure and the outcome (Figure xxxx)// Insert here a diagram or figure that illustrates confounding variableFigure xxxxx. Confounding variablesWe can control for confounding variables either at the stage of planning the study or at the stage of data analysis. We must select confounding variables on the basis of concepts or what we know about the substantive association between the exposure and the outcome variable. For example, . The three ways in which we can control for confounding variables are:MatchingRestrictionStratified Analysis of dataMultivariate analysis of dataMatching and restriction works during the planning stage of the study design. Stratified analysis and multivariate analysis works in the stage after the data collection. We will review these concepts in the sections on study design and data analyses.In summary, establishment of a valid association through ruling out chance, eliminating biases, and controlling confounders is great, but this does not guarantee that the nature of such association is "causal". Not all associations are causal; for example, several studies are designed to examine if the association between X and Y can be explained by invoking biases. That is, would the results still hold if these biases were not to exist or offer alternative explanations?You can partly appraise the nature of this association, that is, whether the association is one of cause and effect, by referring to a series of considerations that Sir Austin Bradford Hill introduced in 1965. Although these are referred to as "Hill's criteria", the use of the word "criteria" is a misnomer. These considerations are as follows:Strength of associationConsistencySpecificity of associationTemporalityFinally, when causes interact, they interact in a biological sense. While the component causes together make a sufficient causal mechanism, it is not mandatory that their strengths or contribution would add up to 100%. They may add up to more than 100%, in which case, it would mean that they have overlaps (some people would have more than one cause working simultaneously, for example smoking and exposure to asbestos dust for lung cancer); they can also add up to less than 100%, and then the rest of the factors might remain unknown. Genes, for example account for 100% of all cancers, so would environment as a risk factors. Measures in EpidemiologyRisks and RatesTime-personIncidence RatesPrevalenceIncidenceAge-specific prevalence and incidenceAge-standardisationDirect standardisationIndirect standardisationApplication to an Environmental Health SituationStandardised Mortality and Morbidity RatioConcepts of Determinants of DiseaseRule out chanceEliminate BiasControl for Confounding VariablesHow to Rule out chanceHypothesis testingSample Size and Power CalculationHow to Eliminate BiasWhat is biasSelection BiasResponse BiasMust eliminate bias at the stage of study designRole of questionnaires and piloting questionnairesObjective measurementsExample of an objective measurement in an environmental health settingExample of an objective measurement in an occupational health settingExample of selection bias in environmental healthExample of Response bias in environmental healthHow to Control for confounding variablesStratified analysisExample of a stratified analysis with gender as a confounding variableMatchingMatched Case Control study: example in an enviromental health settingMultivariate analysisExample of how to control for confounding variables in an Environmental Health studyCausal InferenceHill's CriteriaCounterfactual theories of CausationNecessary and sufficient causes - component cause modelRothman's PieMeasures of Determinants of DiseasesRelative and Absolute RisksPopulation Attributable Risk and PAR%Example of PAR% in Environmental HealthAbsolute RiskRelative RiskOdds and Odds RatioHazard RatioEpidemiological Study DesignsEcological StudyExample of ecological study design in environmental healthCase SeriesExample of case series in environmental health: surveillanceCross-sectional surveyExample of cross-sectional survey in an occupational settingCase Control StudyExample of case control study in environmental Health: arsenic exposure and cancerProspective Cohort studyExample of a prospective cohort study in environmental health contextRetrospective Cohort studyExample of a retrospective cohort study in the context of occupational healthSystematic Review and Meta AnalysisExample of systematic reviews and meta analyses in environmental and occupational healthAdvantages, disadvantages, and indications for different study designsSummary References

It has been shown previously that growth stresses are induced during secondary cell wall formation, however the mechanism responsible is unknown. Two hypotheses exist to explain the stress generation; 1) deposition of lignin between the fibril aggregates, or 2) a mechanism resulting in a length change of the cellulose itself causing the cell to expand or contract axially depending on the orientation of the fibrils (MFA). A combination of the two has also been proposed. The proposed research will increase our understanding of the mechanisms behind growth stress formation through the development of a mathematical model taking into account a realistic cell wall supramolecular architecture to simulate cell wall maturation. The geometric parameters of the molecular cell wall architecture and chemical composition will be studied using x-ray diffraction, atomic force microscopy and wet chemistry. Experimentation will also be used to investigate the role of the gelatinous (G) cell wall layer in the formation of tension wood. The New Zealand Dryland Forest Initiative (NZDFI) is currently breeding _Eucalyptus bosistoana_ as a high value timber crop alternative to _Pinus radiata_. One of the goals of the breeding trials is to select for minimal growth stresses so that the timber does not loose value when harvesting and milling due to the release of internal stresses. The proposed research will select families at young ages which are producing the lowest possible growth stresses improving the _E. bosistoana_ breeding stock.

We start to write a paper in Authorea using markdown. Then we add a table Apps Helps Us in what? ----------- ----------------------------------------------- Overleaf Excellent tool for writing $$LaTeX$$ Authorea Excellent tool for writing in all forms Diilinger Great tool for markdown composing We can add an image in one of the two ways. 1. Use the Authorea's image function 2. Use markdown's image syntax This image was added using Authorea's image function by first hunting for the image on the web, saving locally or uploading to Authorea. It puts the image outside of the markdown box. Image B was added using markdown syntax [Evernote Image] Figure 2. Image B We can add citations in only one way. If I want to cite basu, I just upload a bibtex file in the search box or search for Basu in Authorea's in built search for scholarly literature and do it. Here is the citation Then I connect Authorea paper to github. I can use github to work on the paper if I want, or use a markdown editor to work on it, and remember to upload the bibtex entries to the right folders or add the images properly in the markdown syntax. This way markdown becomes my powerful tool and github becomes my powerful tool to write any paper anywhere. Then I create a github bridge. Port the paper over to github and start writing. When I save the paper, the paper gets saved automatically on Authorea. I do not need to worry about saving it anywhere else. I can add another reference to myself by first adding thus @article{kassebaum2014global, title={Global, regional, and national levels and causes of maternal mortality during 1990--2013: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2013}, author={Kassebaum, Nicholas J and Bertozzi-Villa, Amelia and Coggeshall, Megan S and Shackelford, Katya A and Steiner, Caitlyn and Heuton, Kyle R and Gonzalez-Medina, Diego and Barber, Ryan and Huynh, Chantal and Dicker, Daniel and others}, journal={The Lancet}, volume={384}, number={9947}, pages={980--1004}, year={2014}, publisher={Elsevier} }

Introduction Teh purpose of his this document is tw to wrie a shor ttuo tutorial on Juia. Julia. Julia is a fast and simle simple programming language that can be used fo for technical computing. Hre Here, we are going to learn how to us use Julia fo our for our analyses. e We sat start with an introduciton to the main principles of Julia, hen we conver how to install Julia for your di operating system (Windows, mac, linux). Folowing this, we introduc the basic concepts of Julia for statistical data analysis. Throughout the aim will be to cover the most essential princiles of data analysis using Julia. You will be using either Juliabox or using something like opensagemath for doing data analysis with Julia. What is Julia Installing Julia Using Julia on ipython or anaconda environment

Narrow-sense heritabilities of the wood properties of two-year-old _Eucalyptus bosistoana_ were estimated from 623 stems. Heritability estimates for growth-strain (0.63), density (0.54), diameter (0.76), volumetric shrinkage (0.29), acoustic velocity (0.97) and stiffness (0.82) are presented. A modified version of the splitting test for detecting growth-strain is described. The modified rapid testing procedure results in left-censored growth-strain data, a Bayesian approach is implemented to reduce errors associated with censored data sets. Correlations between wood properties are presented and discussed, as well as trade-offs when shifting trait means by selective breeding.

The goal of this chapter is to present the key principles of Epidemiology that can be used to interpret, describe, and analyse the health effects of climate change. Epidemiology refers to the study of the distribution and determinants of health related states and use of this knowledge to bring about improvements in health states. 

IntroductionEnvironmental health risk assessment refers to an exercise where we identify a specific health hazard (that is a potential adverse health outcome) for a specified population who are exposed to a particular toxin, and then we use the literature review and actual measurements to measure how much are they exposed, and given their levels of exposure, what would be their risks of the disease. Accordingly, there are four steps that begin with  a process of identification of the health hazard (Figure \ref{358007}). 

Trees are subjected to multiple environmental mechanical loads and adapt the mechanical properties of their stems to an environment changing over time.

The purpose of this paper is to write about the concepts of evidence based health and its application in health with emphasis on population health. We shall learn how to search for articles and resources, how to critically appraise journal articles and how to synthesise evidence. Evidence based health was a term coined by David Sackett Sackett 2015

Arsenic in drinking water or inorganic arsenic is a cause of skin disease, heart disease, lung cancer, bladder and kidney cancers. Do the risk estimates vary with populations where they are studied? In order to address this question, we conducted a meta analysis of the linkage between arsenic distribution and bladder cancer for different populations and compared the risk estimates and population attributable risk percents. The purpose of this paper is to present the findings of a meta analysis of all studies published studies on the association between arsenic in drinking water and risk of skin cancer across the five countries and test their variability. We will also estimate the population attributable risk estimate based on the summated findings from the continents to see if the effect estimates vary across regions and what may account for these changes. In doing this, we chart the prevalence and risk estimates of arsenic toxicity as separate subgroup analyses across the Indian subcontinent and the rest of the world. We conducted a meta analysis with the following search terms: "arsenic", "toxicity", " cancer", using pubmed and combined database search. We retrieved the full texts of the studies and we also obtained, wherever possible, works in progress or unpublished studies. We then collated the findings of the study in a database and used Stata to conduct meta analysis using stata's metanal command. We further conducted subgroup analysis based on the geographical region of the world where the studies were conducted and plotted the results on a chart. Based on the Odds Ratios or pooled estimates of the association between arsenic and skin cancer, we estimated the population attributable risks for arsenic caused skin cancer (that is, the part of the skin cancer attributable to arsenic alone based on risk estimate and prevalence of arsenic exposure). The heatmap suggests that some parts of the world, people are more susceptible to arsenic toxicity and arsenic alone accounts for the skin lesions than other causes. This needs to be investigated. 

The purpose of this document is to show you how you can use Revman 5 to conduct a systematic review but more specifically, how you can use Revman to critically appraise literature using tools such as GRADE. We assume that you are familiar with the basic terms and know that different research questions require differnt types of study designs to approach the truth or associations. We also assume that you are aware that evidence based medicine or evidence based public health or evidence based health requires that you will search the liateruate literature databases, identify articles and then you will criticially appraise them and then finally, after apprasing the articles critically you will be abelt o bal able to synthesise the findings to arrive a t at a conclusion. In this example, we shall take five articles and appraise and summarise them. In the process, we shall learn the fundamental basics about evidence based healthcare. 

--------------- --------------- Test header 1 Test header 2 Test cell 2 Test cell 4 --------------- --------------- : This is a caption _Getting to know the new editor_ The table works just fine if you use a LaTeXwriting block but it does not work as well if you were to use the Markdown formatted writing environment. For most intent and purposes, a LaTeXblock is probably the best option to work wth the ne new wedit d edt editor of Authorea. Excelent effort and now with integration with TheWinnower, looks really good!